妊娠が分かった場合、お住いの市区町村に妊娠届出書を提出し、母子手帳を受け取るのが一般的な流れです。
母子手帳には妊婦健診審査受診表がついています。（自治体により名称は異なります）これを医療機関に提出すれば健診費用の助成を受けられるということになります。

妊婦さん本人の負担額が減るよう助成が拡充してきていますが、住んでいる自治体によって助成の内容は大きく異なります。